Inst. för informationsteknologi, Inst. för farmaceutisk biovetenskap

Uppsala universitet är ett brett forskningsuniversitet med stark internationell ställning. Uppgiften är att bedriva forskning och utbildning av högsta kvalitet och att på olika sätt samverka med samhället. Vår viktigaste tillgång är alla de individer som med sin nyfikenhet och sitt engagemang gör Uppsala universitet till en av landets mest spännande arbetsplatser. Uppsala universitet har 40 000 studenter, 7 000 anställda och en omsättning på 6,5 miljarder kronor.

Institutionen för informationsteknologi ca 280 anställda och bedriver forskning och utbildning i ett spektrum av områden inom datavetenskap och IT. Forskningen är organiserad i fem avdelningar. På avdelningen för visuell information och interaktion samlas en världsunik kombination av expertis inom datoriserad bildanalys och människa-datorinteraktion. Mer information om institutionen och dess verksamhet finns på www.it.uu.se.

Institutionen för farmaceutisk biovetenskap har cirka 130 anställda samt ett flertal gästforskare och stipendiater. Institutionen har tio forskargrupper med en gemensam administration och vi bedriver forskning och undervisning inom biokemi, farmakologi, läkemedels- och drogberoende, farmakoterapi, farmakokinetik, farmakometri och toxikologi. Mer information om institutionen och dess verksamhet finns på www.farmbio.uu.se.

Science for Life Laboratory, SciLifeLab är ett svenskt nationellt centrum för molekylär biovetenskap med fokus på hälsa och miljöforskning. Centret kombinerar teknisk expertis i frontlinjen med avancerad kunskap om translationell medicin och molekylär biovetenskap. SciLifeLab är ett samarbete mellan Karolinska Institutet, Kungliga Tekniska Högskolan, Stockholms universitet och Uppsala universitet. SciLifeLab bildades 2010 och idag arbetar ca 1,500 personer inom centret, läs mer på www.scilifelab.se.

Arbetsuppgifter/Projektbeskrivning: Forskningsprojektet: Båda doktoranderna kommer att arbeta i ett nystartat forskningsprojekt finansierat av stiftelsen för strategisk forskning (SSF): Hierarchical Analysis of Temporal and Spatial Data (HASTE) . Doktoranden inom Datoriserad bildanalys kommer i huvudsak handledas av Professor Carolina Wählby, se http://www.cb.uu.se/~carolina/, medan doktoranden inom Bioinformatik i huvudsak kommer handledas av Docent Ola Spjuth, se http://www.farmbio.uu.se/forskning/researchgroups/pb. Detta interdisciplinära projekt syftar till nya, smarta metoder för att hantera och analysera mycket stora mängder mikroskopibilder från moderna experimentella plattformar inom livsvetenskaperna. Centrala angreppssätt i projektet är att representera dataset som intelligent uppbyggda och hanterade informationshierarkier, och att prioritera datainsamling och analys till delmängder av data baserat på automatiskt framtagna mått på hur intressanta och användbara de är utifrån ett vetenskapligt perspektiv. För att konstruera sådana smarta system kommer vi utforska ett antal olika angreppssätt som kombinerar effektiv datamining av bilddata, konstruktion av kvantitativa modeller som lär sig hur intressant data är, och intelligenta och effektiva molnsystem som prioriterar datalagring och beräkningar baserat på dessa metriker. Projektpartners är Institutionen för Informationsteknologi, Uppsala Universitet, Institutionen för Farmaceutisk Biovetenskap, Uppsala Universitet, Science for Life Laboratory (SciLifeLab), Vironova AB och AstraZeneca AB.      

Vi söker nu två doktorander till projektet. Se projekthemsidan http://haste.research.it.uu.se för en mer detaljerad beskrivning av projektet (på engelska):
Den ena doktorandens fokus är detektion av informativ data från storskaliga bildbaserade mikroskopiexperiment (med placering i Wählbys grupp), medan den andra doktorandens fokus är maskininlärning med kvantifierbar konfidens eller sannolikhet (med placering i Spjuths grupp).

Kvalifikationskrav: 
Behörig att anställas som doktorand är den som har civilingenjörs- eller mastersexamen inom datavetenskap, bioinformatik eller relaterade områden relevanta för forskningsuppgiften. Goda programmeringskunskaper är ett krav, och expertis i digital bildbehandling och machine learning är meriterande. Doktorandtjänsten är interdisciplinär, och förståelse för/intresse av tillämpningar inom livsvetenskaperna är meriterande. Bra kommunikationsförmåga på engelska, både muntlig och skriftlig, är ett krav.

Doktorandtjänsten är fyra år, men kan förlängas med undervisning och institutionsuppgifter (maximalt 20%). I doktorandutbildningen ingår även deltagande i kurser relevanta för forskningsområdet.

Ansökningsförfarande:

Ansökan ska innehålla ett brev där den sökande beskriver motiveringen till att söka denna tjänst, relevanta kvalifikationer och forskningsintressen. Ange också till vilken av de två tjänsterna (eller båda) som ansökningen gäller. Ansökan ska också innehålla en meritförteckning (CV), med kopior av relevanta betygshandlingar, en lista över publikationer och examensarbete samt övriga dokument som t ex rekommendationsbrev och kontaktinformation för referenspersoner. Vi vill också veta tidigaste möjliga startdatum. 

Bestämmelser för doktorander återfinns i Högskoleförordningen 5 kap §§1-7 samt i universitetets regler och riktlinjer http://regler.uu.se/.

Uppsala universitet värdesätter de kvaliteter som jämn könsfördelning och mångfald tillför verksamheten. Vi ser därför gärna sökande av alla kön och med olika födelsebakgrund, funktionalitet och livserfarenhet.

Lön: Enligt lokalt avtal (Lokalt kollektivavtal för doktorander).

Tillträde: Snarast, tidsbegränsad anställning.

Anställningens omfattning: 100 %

Upplysningar om anställningen lämnas av 
Professor Carolina Wählby, carolina.wahlby@it.uu.se, tel 018-4713473 eller Docent Ola Spjuth, tel. 070-4250628, ola.spjuth@farmbio.uu.se.  

Välkommen med din ansökan senast den 14 augusti 2017, UFV-PA 2017/1961.

Anställningsform Visstidsanställning längre än 6 månader
Anställningens omfattning Heltid
Tillträde Snarast
Löneform Fast lön
Antal lediga befattningar 2
Sysselsättningsgrad 100 %
Ort Uppsala
Län Uppsala län
Land Sverige
Referensnummer UFV-PA 2017/1961
Facklig företrädare
  • Ellena Papaioannou, Seko, 018-471 3315
  • Per Sundman, Saco-rådet, 018-471 1485
  • Suzanne Borén Andersson, TCO/ST, 018-471 6251
Publicerat 2017-05-22
Sista ansökningsdag 2017-08-14

Tillbaka till lediga jobb